Το βιολογικό βαμβάκι είναι πιο ακριβό στην παραγωγή καθώς καλλιεργείται χωρίς τη χρήση φυτοφαρμάκων και προ-επεξεργασμένων σπόρων. Ως αποτέλεσμα, η διαδικασία είναι πολύ πιο αργή και πολύ πιο έντονη, καθώς απαιτείται εναλλαγή καλλιεργειών.

Επίσης, το βιολογικό βαμβάκι εξακολουθεί να είναι μια μικρή αγορά σε σύγκριση με το συμβατικό βαμβάκι, και όπως σε κάθε βιομηχανία, όσο μικρότερη είναι η παραγωγή, τόσο υψηλότερο είναι το κόστος, καθώς τα γενικά έξοδα ανταγωνίζονται το κέρδος.

Αυτά τα εξειδικευμένα κόστη παραγωγής-κατασκευής θα συνεχίσουν να είναι υψηλά μέχρι να αυξηθεί η παγκόσμια ζήτηση οπότε και θα αυξηθεί ο όγκος παραγωγής. Ένα άλλο «αγκάθι» είναι τα έξοδα αποστολής και εξαγωγής, καθώς οι βιολογικοί αγρότες πληρώνουν πολλά περισσότερα σε σύγκριση με τους μεγάλους συμβατικούς «γίγαντες» στην παραγωγή βαμβακιού, εφόσον στέλνουν μικρότερες ποσότητες συχνότερα.